Existujú rôzne typy operácií prostaty. Môžu sa vykonávať operácie endoskopického zoškrabovania prostaty (TUR-P) pri nezhubnom zväčšení prostaty, laserové operácie ako HOLEP, otvorené operácie na odstránenie prostaty. Spomedzi týchto operácií sa vykonáva endoskopické zoškrabovanie prostaty a operácie HOLEP bez akéhokoľvek rezu a pacienti sú bez problémov posielaní domov s priemernou 2-3 dňovou hospitalizáciou. Pri tejto operácii sa riziko anestézie znižuje aj metódami ako spinálna anestézia (necitlivosť pása), aj keď pacienti majú množstvo vlastných chronických ochorení.
Pri otvorenom odstránení prostaty aplikovanej pri nezhubnom zväčšení prostaty môže väčšie krvácanie ako pri iných metódach a rez 8-10 cm v podbrušku predisponovať k niektorým negatívam, ktoré sa môžu po operácii rozvinúť. Tieto problémy sú minimalizované v centrách so skúsenými tímami.
Pri operáciách nezhubného zväčšenia prostaty je veľmi bežné, že sperma po pohlavnom styku dlhodobo uniká dozadu. Pre populáciu, ktorá nechce mať deti, to nie je dôležité. Pri veľmi nízkych frekvenciách je možné pozorovať aj erektilnú dysfunkciu, časté močenie, stenózu močového kanála.
Operácia rakoviny prostaty je špecifickejšia operácia a môže predstavovať viac rizík, pretože môže trvať dlhšie, vyžaduje celkovú anestéziu a môže mať vzťah so susednými orgánmi. Závažné vedľajšie účinky a komplikácie sú však oveľa menej časté pri operácii vykonávanej skúseným chirurgickým a anestéziologickým tímom. Pri otvorených, laparoskopických a robotických metódach sa v závislosti od skúseností chirurga, štádia a prevalencie ochorenia môžu dlhodobo vyskytnúť stavy ako inkontinencia moču a erektilná dysfunkcia, stenózy močových ciest.
Najúčinnejším spôsobom, ako minimalizovať nežiaduce účinky po týchto operáciách, je vykonávať tieto operácie v skúsených centrách a skúseným chirurgickým tímom pri dôslednom dodržiavaní zásad.